ככל הידוע, משפחתו של מרדכי נשלחה לאושוויץ. מכולם רק הוא שרד את המלחמה.
לאחר המלחמה נדד לאיטליה. לארץ הגיע ביוני 1947 עם "עליית הנוער", והתחנך בכפר הנוער הדתי שליד כפר חסידים.
בתקופת מלחמת העצמאות גויס מרדכי לחטיבת "אלכסנדרוני" – חטיבה מספר 3 ב"הגנה", ומילא את חובתו בכל הפעולות שהוטלו על גדודו, גדוד 33. הגדוד, שהתארגן מקרב חיילי החי"ש של ה"הגנה" ביישובי גוש דן ונפות השרון, נטל חלק במבצעים חשובים שנערכו במרכז הארץ (בין היתר במבצע "חמץ", בכיבוש כפר סבא הערבית, הקרב על קאקון, מבצע "שוטר" ועוד) ובבלימת צבאות הפלישה הירדנים והעיראקים.
בקיץ תש"ח הורד הגדוד דרומה, עם שאר חיילי החטיבה, כדי לסייע בהדיפת צבא הפלישה המצרי לארץ.
בחודש דצמבר 1948 השתתף הגדוד במבצע "חיסול", שנועד לסלק כליל את הצבא המצרי ולחייב את המצרים לנהל משא ומתן לשביתת נשק.
לקראת סוף 1948 כותרו המצרים ב"כיס פלוג'ה" בדרום, שחלקו המזרחי היה הכפר עיראק אל-מנשיה, כפר ערבי גדול בסמוך לתל עתיק (כיום תל עראני הסמוך לקריית גת). בגבור החשש שהכוחות המצריים והירדניים בהר חברון ינסו לחבור ל"כיס" הנצור, וכן בשל ההשלכות המדיניות החמורות הנובעות מהתבססות צבא האויב בלב הנגב הצפוני, הוחלט לחסל את המערך המצרי ב"כיס פלוג'ה" על ידי כיבוש עיראק אל-מנשיה.
במהלך המבצע פרצו כוחות "אלכסנדרוני" לכפר מדרום והשתלטו על חלקו, אך הסתערותם על התל שמצפון לכפר נהדפה. בינתיים התאוששו המצרים, פתחו בהתקפת נגד עזה ואילצו את כוחותינו לסגת.
חלק מהכוח נלכד בכפר, וכ-90 מלוחמי "אלכסנדרוני" נהרגו.
מרדכי נהרג בקרב זה, ביום כ"ו בכסלו תש"ט (28.12.1948). בן עשרים ואחת בנפלו.
חללי הקרב נקברו תחילה למרגלות התל. רק אחרי פינוי "כיס פלוג'ה", בעקבות הסכם שביתת הנשק עם מצרים בשנת 1949, הועברו גופותיהם לבית העלמין בנחלת יצחק, שם נטמנו בקבר אחים ביום י"ז בכסלו תש"י (8.12.1949).
