ב- 24 ביוני 1941 נכבשה וילנה על ידי הגרמנים. היהודים חויבו לשאת טלאי צהוב וכל זכויותיהם הבסיסיות ניטלו מהם. בחודשים אוגוסט-ספטמבר 1941 נערכו אקציות, וכ- 8,000 יהודים נרצחו באתר ההשמדה פונאר.
כאשר הוכרז על הקמת גטו בווילנה, בספטמבר 1941, היה שלמה ממארגני העבודה הרפואית בבית החולים היהודי, שהמשיך לפעול למרות התנאים הקשים. אמו נפטרה בפתאומיות ומותה דיכא אותו מאוד. רופא צעיר היה שזה עתה הוסמך והעבודה הייתה רבה: בגטו נדחסו 40,000 יהודים, ועד מהרה פרצו בו מחלות ומגפות.
בשנת 1942 התארגנה בגטו וילנה מחתרת יהודית לוחמת – ה"פפא"ו", ארגון הפרטיזנים המאוחד. שלמה היה מהראשונים שהצטרפו למחתרת.
בספטמבר 1943 נערכו אקציות גירוש למחנות ריכוז באסטוניה והגטו חוסל. אלפי ילדים, נשים וזקנים נשלחו למחנה ההשמדה בסוביבור ושם נרצחו. כמה מאות מחברי המחתרת הספיקו לצאת ליערות הסביבה שם התארגנו בפלוגות של פרטיזנים להמשך הלחימה בגרמנים.
גם שלמה הלך בדרך זו, כאשר עם חיסול הגטו יצאו הוא ורעייתו עם הקבוצה הפרטיזנית האחרונה דרך צינורות הביוב. במשך שנה ומחצה שימש רופא לפרטיזנים ביערות פושצ'ה רודניצקה שעל יד וילנה. בתנאים איומים ביערות, עם מעט ציוד רפואי, ארגן את השירות הרפואי בכל האזור.
אחרי שחרור וילנה החל שלמה לעבוד במחלקת הבריאות. הודות לכישרונותיו הארגוניים עלה במהרה לדרגת מנהל מדיני של המחלקה הרפואית בהג"א – ההגנה האנטי-אווירית בליטא. ואולם, העלייה בקריירה לא ריתקה אותו, כי משאת נפשו הייתה ארץ ישראל.
אחרי כחצי שנה עזב את התפקיד, ובתחילת שנת 1945 נמצא עם רעייתו בקבוצה החלוצית הראשונה שיצאה מווילנה אחרי המלחמה. עם חברי קבוצתו נמנה אבא קובנר – מגדולי היוצרים היהודים.
בהגיעו לארץ זכה שלמה במלגה, ובמשך שנתיים השתלם בבית החולים "הדסה" בירושלים. צמא היה להשלים את ידיעותיו ואת התמחותו המעשית במקצוע שכה אהב ושממנו ניתק בעל כורחו בשל המלחמה. נחוש היה להדביק את הפער ולהשיג את הזמן היקר שאיבד. ואכן, שלמה ניחן בחושים מחודדים ובקליטה מהירה. בשקידה ובחריצות למד את הלשון העברית. בלילות, לאחר יום עבודה בן עשר או שתים-עשרה שעות היה ממשיך ומשנן, ואף על לימודי השפה האנגלית לא ויתר. ידידיו הרופאים מעידים כי היה איש שיחה מובהק, שנטה לחלוק עם אחרים את חוויותיו הרבות.
בסוף שנת 1947 נתקבל שלמה כמומחה במכון הרנטגן של בית החולים "הדסה" בירושלים. בחורף תש"ח, עם תחילת מאורעות מלחמת העצמאות, הקדיש הרבה מזמנו לשירות רפואי לנפגעי ה"הגנה". גם רעייתו השתתפה בהגנת העיר.
בראשית המלחמה שימש שלמה כרופא גדודי בפלוגת השירות הרפואי של "הדסה", וכהרגלו התמסר לעבודתו בכל לבו ומרצו. את הפקודות קיבל ברצון ומבלי להתמקח, היה מסכן עצמו בהליכתו ברחובות החשופים להגיש עזרה לפצועים. עזר בארגון השירות הרפואי בירושלים ומילא תפקידים בשכונת מונטיפיורי, בתלפיות, באזור בית צפפה ועוד. במשך כמה שבועות שירת עם מגיני העיר העתיקה.
ב- 1 ביוני 1948 נקרא שלמה לגיוס מלא, ונאלץ לעזוב לגמרי את מכון הרנטגן של "הדסה". הוא הוצב כרופא בדרגת סגן בגדוד 64 של חטיבת "עציוני" (חטיבת "ירושלים) – חטיבה מספר 6 ב"הגנה" – ובזמן קצר זכה להערכתם של חבריו הלוחמים ושל מפקדיו.
ביולי 1948 נשלח שלמה לארגן מחדש את העזרה הרפואית לאחד מגדודי הפלמ"ח שחנה באזור שער הגיא. ביום ד' בתמוז תש"ח (11.7.1948), באחד מגלי ההפגזות הקשים שפקדו את ירושלים, עשה את דרכו לקבל הוראות בענייני תפקידו החדש. ליד קפה "אימפריאל" בירושלים פגע בו פגז האויב. שלמה נהרג במקום. עמו נפל החובש שליווה אותו.