הגירושים החלו ב-15 בספטמבר 1941, ונמשכו לסירוגין עד לסתיו 1942. היהודים רוכזו במחנות והועסקו בעבודות כפייה. עד תום המלחמה נספו למעלה מ-100,000 מיהודי האזור.
כל משפחתו של יצחק גורשה לטרנסניסטריה. הוריו נספו שם, ורק הנער, שמצא מחסה בביתו של איכר אוקראיני ושימש כרועה חזירים, שרד את המלחמה.
לאחר שחרור רומניה חזר יצחק, עם יתומים רבים אחרים, לבוקרשט. הוא הוכנס לבית יתומים, שם חי זמן מה עד שהועלה לארץ בשנת 1945, במסגרת "עליית הנוער".
בסוף אותה שנה עבד יצחק ב"משק הפועלות" בשכונת בורוכוב בגבעתיים, ותוך זמן קצר למד את עבודות החקלאות והתערה בחיי הארץ. בגמר הכשרתו עבר לגור אצל דודו ברעננה, שם החל ללמוד מסגרות. הוא התמחה במלאכה זו והוציא מתחת ידיו כמה עבודות עדינות, כמו חנוכייה נאה ועוד פריטים.
מיד עם החלטת עצרת האו"ם על חלוקת הארץ, כ"ט בנובמבר 1947, הצטרף יצחק לשירות פעיל ב"הגנה" וצורף לגדוד 32 בחטיבת "אלכסנדרוני" – חטיבה מספר 3. הוא השתתף בפעולות רבות במרחב המרכז: באזור רמת הכובש, בכיבוש הכפרים סלמה, חיריה, סאקיה וכפר ענה, בקרב על מחנה תל ליטווינסקי ועל כפר סבא הערבית.
במאי 1948 השתתף יצחק במבצע "יובל. את מבצע "יובל" באזור ואדי ערה, מצפון-מזרח לחדרה, יזמה מפקדת ה"הגנה" בראשית מאי 1948 כדי למשוך לשם כוחות אויב ולהרחיקם מאזור משמר העמק, שהיה בשליטת הכוחות היהודים לאחר הקרבות הקשים שם באפריל 1948.
כוחות "אלכסנדרוני" יצאו בליל כ"ט בניסן תש"ח (8.5.1948) לעבר כפר קרע, הסתערו עליו בבוקר והצליחו לכבוש חלק ממנו. אך תגבורת ערבית גדולה שהוזעקה מכל הסביבה החלה לתקוף את הלוחמים, שספגו אבדות ובחלק מהנקודות נאלצו לסגת.
למרות הנסיגה מטרת המבצע הושגה: כוחות ערביים גדולים פינו את אזור משמר העמק, ולא התבססו בו לקראת הפלישה הצפויה של צבאות ערב לארץ. בקרב בכפר קרע נפל יצחק.
