בשנת 1940 נשלחו עקיבא ומשפחתו על ידי הנאצים למחנה הריכוז בוכנוואלד. מחנה בוכנוואלד, בקרבת העיר ויימר, הוקם ביולי 1937 והיה ממחנות הריכוז הגדולים בגרמניה: כ-130 מחנות לוויין היו מסונפים אליו. היהודים שנכלאו בו נוצלו בעבודה במחצבה ורבים מהם נפלו חלל. בימי המלחמה עברו בו מאות אלפי אנשים.
הוריו ואחיו של עקיבא נספו במחנה. רק הוא נשאר בחיים, עבר ממחנה למחנה והצליח לשרוד את המלחמה. בתום המלחמה היה כלוא בצ'כיה, משם שוחרר בהגיע הצבא האמריקני באביב 1945.
עם זרם הפליטים עבר עקיבא לאיטליה, והצטרף לחבורת נוער דתי אשר יסדה את קבוצת ההכשרה "תורה ועבודה" בעיר אביטי הסמוכה למילאנו. בחברה הדתית, תחת הדרכת מדריכים מבוגרים, באווירת השקט והמרגוע של החווילה והגן הנהדרים אשר אחד מעשירי מילאנו – אינג'נר מאיר – העמיד לרשות קיבוץ ההכשרה, נח עקיבא קצת מתלאותיו והתחיל למצוא את דרכו בחיים.
ב-9 בינואר 1946 עלה עקיבא בנמל ואדו ליגורה שבאיטליה על אוניית המשא הקטנה "אנצו סירני", בדרכו לארץ ישראל. האונייה, שנשאה 908 מעפילים חברי תנועות נוער שונות, אורגנה על ידי המוסד לעלייה ב' של ה"הגנה". הפלגתה התאפיינה בקשיים רבים – צפיפות, ים סוער ומחסור במים ובמזון – ולנוסעיה נגרם סבל רב. בהתקרבם לחופי הארץ נתגלתה האונייה על ידי הבריטים. הם אילצו אותה להיכנס לנמל חיפה, השתלטו על המעפילים והובילו אותם למחנה המעצר בעתלית. הייתה זו האונייה הראשונה שנעצרה על ידי הבריטים, ומעפיליה היו מהראשונים שנעצרו בבואם לארץ ישראל לאחר מלחמת העולם.
לאחר ששוחרר מהמחנה הצטרף עקיבא, יחד עם חבורת עולים, לכפר עציון, ראשון יישובי גוש עציון. מעטים בלבד מחבורתו נשארו שם, אך עקיבא היה אחד מאלה שנאחזו באדמת הכפר בנאמנות ובמסירות. הוא הצטיין בדייקנותו ובקפדנותו הרבה בעבודה, על אף היותו שתקן וצנוע התערה בחברה ובמשק. היה אחראי לעבודת המכבסה, נטל על שכמו כל פעולה ועבודה ובצען באחריות. בעבודתו מצא סיפוק רב.
גוש עציון היה אי בודד של התיישבות יהודית בהר חברון. על פי החלטת החלוקה של האו"ם מיום 29 בנובמבר 1947 לא נכלל הגוש בתחומי המדינה היהודית, ומיד לאחר ההחלטה פתחו ערביי הסביבה בהתקפות על הגוש ועל הדרכים אליו מירושלים וצרו עליו מכל עבר. כן פלשו לאזור יחידות חלוץ של צבא ירדן ("הלגיון הערבי") אשר בשל מיקומו של הגוש, ששלט על הכביש בין חברון לירושלים, ביקשו לכבוש אותו ולחסלו.
כמו כל מתיישבי הגוש הבוגרים שירת עקיבא ב"הגנה" במסגרת חטיבת "עציוני", היא חטיבת "ירושלים" (חטיבה מספר 6). היה בכיתת חי"ש (חיל שדה) ונתגלה כחייל ממושמע ואחראי. לקח חלק פעיל באימונים, בשמירה ובהגנה, תחילה בעמדות ואחר כך כרץ ומקשר של המטה. מילא את תפקידו בדייקנות, מבלי להירתע בפני סכנות.
לקראת הקרבות המכריעים הלוחמים תוגברו בלוחמי חי"ש שהגיעו לגוש מירושלים ומהחי"ש הדתי בתל אביב. בנוסף, העבירה ה"הגנה" לאזור לוחמי פלמ"ח מחטיבת "הראל".
ביום 12 במאי 1948 החלה ההתקפה הגדולה של הלגיון על הגוש. לאחר נפילת המשלטים נשלח עקיבא כרץ למשואות יצחק להחיש תגבורת למשלט "גבעת הסלעים". אף על פי שחיילי הלגיון הערבי הקיפו כבר את כל הגבעות מסביב לכפר עציון, הוא הספיק להעביר תחמושת לאנשים שנמצאו במשלט.
למחרת, ביום ד' באייר תש"ח (13.5.1948), התרחשה ההתקפה האחרונה על כפר עציון. עקיבא לחם בעוז בעמדה מספר 3, בקטע המזרחי של המחנה. בפרוץ שריוני האויב לקטע המזרחי של הכפר נפל.
באותו יום נכבש כפר עציון. למעלה ממאה ממגיני הכפר נפלו באותו יום, רבים נרצחו לאחר שנכנעו. למחרת, ביום הכרזת המדינה, נפלו שלושת יישובי הגוש האחרים. גוש עציון חדל מלהתקיים ושרידי מגניו הלכו לשבי בירדן.