יששכר דוב וכל משפחתו נשלחו גם הם לאושוויץ. כולם מלבדו נספו. רק הוא שרד בעבודה הקשה, ונשלח למחנות עבודה בגרמניה ובפולין. הודות לזריזותו ולאומץ לבו הצליח תמיד להשיג מזון, ובמסירות נפש היה חולק אותו עם חבריו הגוועים ברעב.
בתום המלחמה נדד יששכר דוב לרומניה, משם עלה לארץ ישראל באונייה "מקס נורדאו", שאורגנה על ידי נציגי המוסד לעלייה ב' של ה"הגנה" ביוון. האונייה הפליגה מנמל קונסטנצה ב-7 במאי 1946 כשעל סיפונה 1,633 מעפילים מרומניה ופולין, ניצולי שואה וחברי תנועות נוער חלוציות. סמוך לחוף קיסריה התנגשה האונייה במשחתת בריטית אשר שיגרה לעברה צוות השתלטות. האונייה הובלה לחיפה, ותוך שהם מניפים את הדגל העברי הורדו המעפילים והועברו למחנה המעצר בעתלית.
כששוחרר כעבור כמה שבועות הצטרף יששכר דוב לקבוצת "פועלי אגודת ישראל" בראשון לציון. בהמשך עבר לתל אביב, ועבד כחשמלאי. הוא שאף להשתלמות רוחנית, הצטרף לאנשי חב"ד ובכל שעה פנויה למד בהתלהבות את תורתם.
כשפרצה מלחמת העצמאות היה מן הראשונים להתגייס. יששכר דוב שירת בפלוגה הדתית בגדוד 33 של חטיבת "אלכסנדרוני" – חטיבה מספר 3 ב"הגנה". הגדוד התארגן בסוף 1947 מחברי החי"ש (חיל השדה) של ה"הגנה" ביישובי גוש דן ונפות השרון, אליהם הצטרפו מגויסים נוספים.
יששכר דוב השתתף בפעולות רבות של הגדוד, התנדב למשימות נועזות וצוין לשבח על ידי מפקדיו.
בדצמבר 1948 לחם יששכר דוב בקרב בעיראק אל-מנשיה במבצע "חורב".
עיראק אל-מנשיה היה כפר ערבי ששכן בסמוך לקריית גת של ימינו (כיום אזור תל עיראני). שימש אחד המשלטים של הכוחות המצרים שפלשו לארץ וכותרו ב"כיס פלוג'ה". במבצע "חורב" הוחלט לשחרר את הדרך לנגב ולאלץ את המצרים לסגת, ובמסגרת זו נערך מבצע "חיסול" נגד כוחות האויב ב"כיס פלוג'ה".
על יחידתו של יששכר דוב הוטל לפרוץ לעיראק אל-מנשיה. ביום כ"ו בכסלו תש"ט (28.12.1948) פרצו כוחות "אלכסנדרוני" לכפר מדרום והשתלטו על חלקו, אך הסתערותם על התל שמצפון לכפר נהדפה. בינתיים התאוששו המצרים, תקפו ואילצו את הכוחות הישראליים לסגת.
כתשעים מלוחמי היחידה נפלו בקרב, ביניהם יששכר דוב. חבריו ציינו כי גילה אומץ לב למופת, והיה ממתנגדי הנסיגה מהכפר.
