כבר בראשית המלחמה נלקחו הוריו של מרדכי למחנה הסגר והשמדה ושם נספו. מרדכי בן ה-13 ניצל הודות לעגלון הונגרי נוצרי שעבד אצל אביו: העגלון לקח אותו תחת חסותו, צירף אותו למשפחתו והחביאו בביתו עד בוא השחרור. בכל אותן שנים, עד לסיום המלחמה, עבד מרדכי כעגלון.
בתום המלחמה החליט מרדכי לעלות לארץ ישראל. בהיותו חבר ב"המכבי הצעיר" הצטרף לקבוצה מחברי תנועתו שהפליגה לארץ מאיטליה באניית מעפילים, כנראה "דלין". בהגיעם לחופי הארץ, ביום 2 בספטמבר 1945, נכלאו במחנה המעצר הבריטי בעתלית.
במחצית שנות הארבעים כבר הכיל המחנה בעתלית מאות מעפילים. באוקטובר 1945 החליטה ה"הגנה", במסגרת מאבקה בהגבלות העלייה של השלטון הבריטי, לפרוץ את המחנה ולשחרר את כלואיו. לצורך כך הסתננו כמה לוחמי פלמ"ח מוסווים, שארגנו את האסירים ויצרו קשר עם השוטרים היהודים שנמנו עם שומרי המחנה. במבצע נועז פרצו לוחמי הפלמ"ח בליל 10 באוקטובר 1945 את גדרות המחנה, ורבים מעצוריו ברחו ממנו. המשטרה הבריטית נזעקה למקום וניסתה לעצור את הבורחים, אולם הנמלטים הצליחו להערים עליהם בעזרת אלפים מיהודי חיפה והסביבה, שבשוטטם בשטח הפתוח סייעו לבלום את השוטרים הבריטים.
כמאתיים מן הכלואים במחנה עתלית הצליחו להימלט באותו לילה, ולאחר מסע לילי מפרך, כשהם מלווים בלוחמי הפלמ"ח, הגיעו דרך הכרמל אל הקיבוצים יגור ובית אורן. משם התפזרו בין היישובים היהודיים בארץ.
מרדכי היה בין הבורחים מהמחנה. בהמשך נדד בין יישובים שונים. עם חבריו לגרעין ההתיישבותי שהה במצובה, תקופה מסוימת עשה בעיינות, בחולדה ובכפר המכבי. בשנת 1947 היה עם קבוצתו בין המתיישבים הראשונים שעלו לקיבוץ צאלים בנגב.
כחבר ה"הגנה" גויס מרדכי בפרוץ מלחמת העצמאות וצורף לגדוד השמיני בחטיבת "הנגב" – חטיבה מספר 12 ב"הגנה".
ביולי 1948 השתתף בקרב בחוליקאת במבצע "מוות לפולש".
במסגרת מבצעי "עשרת הימים" שיזמה ישראל ביולי 1948, בתום ההפוגה הראשונה במלחמה, במטרה להדוף את צבאות הפלישה הערבים מהארץ, נערך בנגב מבצע "מוות לפולש". המבצע נועד לבלום את הכוחות המצריים המבוצרים היטב שאיימו להתקדם צפונה לאורך מישור החוף.
ביום י"א בתמוז תש"ח (18.7.1948), בהתקפה על משלט מצרי בחוליקאת (כיום אזור חלץ), נתקלו הכוחות הישראלים בהתנגדות עזה, ספגו אבדות כבדות ולא הצליחו לכבוש את השטח. בקרב זה נפל מרדכי.
הדרך לנגב הנצור נפתחה שלושה חודשים מאוחר יותר, במבצע "יואב" שנערך באוקטובר 1948.
