שמשון ומשפחתו שולחו על ידי הנאצים יימח שמם לאושוויץ, שם נרצחו ההורים. אחיו הבכור של שמשון נמלט לרוסיה ושם מת ממחלה. רק הוא הצליח לשרוד מכל המשפחה. תחילה הצטרף לפלוגת עבודה, בהמשך הגיע למחנה ברגן-בלזן ובו שהה עד תום המלחמה.
לאחר ששוחרר מהמחנה היה שמשון פעיל בארגון העלאת מעפילים לארץ. בשנת 1946 עלה אף הוא באונייה "אנצו סירני". הספינה, שאורגנה על ידי המוסד לעלייה ב' של ה"הגנה", הפליגה מנמל ואדו-ליגורה באיטליה ב-9 בינואר 1946 כשעל סיפונה 908 מעפילים, מרביתם צעירים חברי תנועות נוער שונות. צפיפות רבה, ים סוער ומחסור במים ובמזון גרמו לנוסעיה סבל רב. לא רחוק מחופי הארץ נתגלתה האונייה על ידי משחתות הצי המלכותי הבריטי. "אנצו סירני" הייתה אוניית המעפילים הראשונה שתפסו הבריטים אחרי מלחמת העולם השנייה. האונייה אולצה להיכנס לנמל חיפה, שם השתלטו החיילים הבריטים על המעפילים והובילו אותם למחנה המעצר בעתלית.
כעבור כמה שבועות שוחרר שמשון ממחנה המעצר והתקבל בבית דודו יחיאל, אחי אביו, בתל אביב. בני המשפחה אימצו אותו לבן, וכאן הוא מצא מרגוע מחייו הסוערים. "כמה טוב להיות בין חברים", אמר בכל הזדמנות, ועד מהרה החל ללמוד עברית ולעבוד כנגר.
במחצית שנת 1947 הצטרף שמשון ל"הגנה" ועבר אימונים. בפרוץ מלחמת העצמאות הוא צורף לחי"ש (חיל שדה) בתל אביב, והשתתף בהגנת שכונת שפירא ושכונת התקווה.
באפריל 1948 צורף שמשון לגדוד 54 בחטיבת "גבעתי", חטיבה 5 ב"הגנה". מאז השתתף בפעולות הלחימה, ביניהן במבצע "נחשון" ובאבטחת שיירות לירושלים. בכל הפעולות הצטיין כמקלען מעולה. בחופשותיו המעטות היה מגיע לנוח בבית קרוביו בתל אביב.
עם הפלישה המצרית לאחר הכרזת העצמאות הועבר הגדוד לאזור איסדוד (אשדוד). בליל 2/3 ביוני 1948, במסגרת מבצע "פלשת", תקפו כוחות "גבעתי" את המערך המצרי ליד גשר כביש החוף (כיום – גשר "עד הלום"). ההסתערות נבלמה באש כבדה של האויב והכוחות נאלצו לסגת. ההתקפה נכשלה אמנם, אך אילצה את המצרים להיערך במקום ובלמה את התקדמותם צפונה לעבר תל אביב.
בקרב זה, ביום כ"ה באייר תש"ח (3.6.1948), נפלו למעלה מעשרים לוחמים וביניהם שמשון.