עם תחילת מלחמת העולם השנייה היו גדעון ומשפחתו בין המגורשים למחנה המוות. הוריו ואחותו נספו שם, והוא עצמו הועבר למחנה הריכוז בוכנוואלד שבקרבת העיר ויימר – אחד ממחנות הריכוז הגדולים בגרמניה. ימים קשים ועינויי תופת עברו עליו, אך גדעון שרד וזכה לראות בבוא השחרור בידי צבאות בעלות הברית.
גדעון שב לווינה ולמד באוניברסיטה שני סמסטרים בפקולטה לכימיה. בשנת 1946 הוסמך כאופטיקאי, ובמשך כשנתיים עבד במקצועו.
מיד לאחר החלטת האו"ם על חלוקת ארץ ישראל החל גדעון את דרכו לארץ. הוא עבר את כל שלבי עלייה ב', הגיע ארצה בראשית שנת 1948 ונשלח על ידי הבריטים למחנה מעצר בקפריסין.
גדעון היה מהמעטים אשר הצליחו להימלט מאי הגירוש, ובסוף שנת 1948 הגיע לארץ בסירת דייגים. זמן קצר לאחר בואו, בינואר 1949, התגייס לצה"ל. שירת בגדוד 62 של חטיבה 6, היא חטיבת "עציוני" (חטיבת "ירושלים"). מפקדיו הכירו ביכולותיו הגבוהות, והוא הועבר לחיל המודיעין והוצב ביחידת מיפוי.
גדעון שאף ללמוד ולהתקדם, ולאחר שנתקבל לאוניברסיטה העברית בירושלים ביקש להשתחרר מהצבא. בקשתו אושרה והוא עבר לירושלים ולמד כשנה בחוגים מתמטיקה ופיזיקה.
בסוף דצמבר 1950 החליט לחזור לצבא ולחתום לשירות קבע, על מנת שיוכל לממן את המשך לימודיו האקדמיים. גדעון התגורר ברמת גן והחל בשירות. הודות לנתוניו הגבוהים ולניסיונו הצבאי נשלח בסוף שנת 1951 לקורס קצינים.
במסגרת קורס הקצינים התאמנה היחידה בשטח אש בגבעת אולגה. ב-2 בינואר 1952, בשעת האימונים, התפוצץ רימון במאגר התחמושת שבמטווח. גדעון נפגע אנושות מרסיסים, ובטרם הובהל לבית החולים עוד הספיק להעביר למחלקתו דברי פרידה: "מסור לחבר'ה שאל תרפינה ידיהם, חזקו ואימצו והמשיכו לבצע המשימה".
לאחר יומיים של ייסורים קשים, ביום ו' בטבת תשי"ב (4.1.1952), נפטר גדעון מפצעיו. בן עשרים וארבע שנים במותו. הובא למנוחת עולמים בבית העלמין הצבאי בחיפה.
