ב-30 בנובמבר 1947, יום לאחר החלטת החלוקה באו"ם, כותב אמנון לחברתו: "אם כן, יקירתי, הארץ לנו היא. השמחה רבה, אך מאידך אין לדעת מה יביא יום המחר בכנפיו וכיצד תהיה תגובתם של הערבים… אף אצלכם [בירושלים], בוודאי הייתה השמחה רבה. אכן, דבר נפל, דבר גדול וחשוב ולוואי ויהיה טוב בעתיד. נקווה שהכול על מקומו בשלום יבוא וכל הבעיות תיפתרנה בארצנו…"
אמנון התגייס בראשית ינואר 1948 לחיל השריון ולחטיבת "גבעתי" – חטיבה מספר 5 ב"הגנה". נמנה עם לוחמי גדוד 52 – גדוד שהתארגן בראשית המלחמה מקרב פלוגות החי"ש (חיל שדה) של ה"הגנה" במושבות הדרום, ראשון לציון ורחובות. כבר בחודשי המלחמה הראשונים עסק הגדוד בלחימה, בפעולות תגמול ובהגנת דרום הארץ. בהמשך השתתפו לוחמיו בכל שדות המערכה של "גבעתי".
אמנון ויחידתו נשלחו לבית גוברין.
במהלך מלחמת העצמאות נתפסו בית גוברין ותחנת המשטרה המקומית על ידי צבא הפלישה המצרי. בשל החשש כי האזור ישמש למצרים חיבור בין כוחותיהם בהר חברון לבין אלפי החיילים המצרים שנלכדו ב"כיס פלוג'ה" הוחלט, לקראת סיום "מבצע יואב", לכבוש את תחנת המשטרה, בה ישבו חיילים ירדנים.
המשימה הוטלה על לוחמי גדוד 52 של "גבעתי", אשר בליל כ"ב בתשרי תש"ט (25.10.1948) הסתערו על התחנה בעזרת זחל"מים, ובסדרת פיצוצים הצליחו לשתק את החיילים הירדנים ולכבוש את המקום.
אמנון נפל בשעת הפעולה. כשהוא מחפה במכונת ירייה על חבריו המתפרצים אל בניין המשטרה נפגע מכדור בצווארו, ומת.
