כל משפחתו של עקיבא הושמדה בטרבלינקה, ועם הניצחון על הנאצים הוא היה בין הראשונים שדרכם הייתה ברורה להם. קרוביו בארצות הברית ביקשו שיבוא אליהם, אך הוא דחה את בקשתם כי לא רצה בגולה חדשה. עקיבא החל להכשיר עצמו לקראת העלייה לארץ, לקראת חיי יצירה ושיתוף. יחד עם חברו הטוב יזם בבלגיה את הקמת קבוצת ההכשרה "בדרך", והיה הרוח החיה בה.
עקיבא היה בין ראשוני העולים אחרי המלחמה בהעפילו באנייה "ביריה", שיצאה ממרסיי שבצרפת ביוני 1946. נאמנותו למפלגה ולתנועה לא פגה, ובצרורותיו הסתיר את הסמל של הנוער הבורוכובי ואת תעודת החברות, שהיו מבחינתו האוצרות הגדולים ביותר אותם רצה להביא עמו ארצה – למרות האיסור מצד מארגני העלייה.
"ביריה" נרכשה במרסיי על ידי המוסד לעלייה ב' של ה"הגנה". הועלו על סיפונה 999 מעפילים, כמחציתם יוצאי פולין והיתר ממדינות אחרות ממזרח ומרכז אירופה. מרביתם חברי תנועות נוער, קבוצה אחת של חרדים מאגודת ישראל וקבוצה גדולה של פרטיזנים מאזור וילנה. לאחר תלאות הגיעה האונייה לנמל חיפה ב-1 ביולי 1946, שם נעצרה על ידי הבריטים. כיוון שהגיעה מיד לאחר אירועי "השבת השחורה" היה מחנה המעצר תפוס על ידי עצורים רבים מבני היישוב, והמעפילים הוחזקו באנייה "מקס נורדאו", שהייתה קשורה לשובר הגלים בחיפה, ומאוחר יותר הועברו למחנה המעצר בעתלית.
לאחר שחרורו ממחנה המעצר הצטרף עקיבא לקיבוץ חפציבה בעמק יזרעאל. במשק החל לעבוד כחוצב, והתבלט מיד כחבר נאמן ומסור. כל ישותו הייתה נתונה כעת לקבוצת ההכשרה ולמשק, לחיי עבודה ויצירה, והיה מאושר על שהגיע להתגשמות שאיפתו. חבריו זוכרים אותו כאיש עבודה, חבר לכול, עוזר לחלש ובעל יד נדיבה. מדי בוקר, עד לפני עלות השחר, קם ויצא לעבוד במחצבת המשק כשרובה על שכמו, בודק את הדרך ומאבטח את הגישה לעבודה. בהופיע האויב באופק מיד הניח את פטיש האוויר, ותפס הראשון את הנשק להרחיק כל סכנה. בגמר יום העבודה הקשה שוב עלה להר, להביא זר פרחים לקישוט מעונו.
בפרוץ מלחמת העצמאות ביקש עקיבא להתגייס מיד, ודרש להצטרף ליחידה קרבית. הוא הוצב בגדוד 13 בחטיבת "גולני" – חטיבה מספר 1 ב"הגנה". עקיבא לא היה איש מלחמה ולא שש אלי קרב, אך הכרת הכרחיותה של המלחמה הביאה אותו לאחוז בנשק, ובשעת מבחן היה למופת באומץ לבו ועוז רוחו.
עקיבא השתתף בקרבות רבים: בהגנת עמק יזרעאל, בכיבוש בית שאן, בקרבות כאוכב אל-הווא, בית יוסף וסנדלה, בקרבות על ג'נין ובכיבוש נצרת, ועד לנגב הגיע.
בינואר 1949 השתתף עקיבא בקרב ברפיח במסגרת מבצע "חורב".
מבצע "חורב" נערך בשלבי המלחמה האחרונים. הוא נועד למגר את הצבא המצרי מאזורי עזה, עוג'ה ועסלוג' (על כן נקרא גם מבצע "עין"), לסלקו מתחומי ישראל.
הקרב ברפיח, בצומת ובאזור מחנות הצבא, נועד לפגוע בתשתית הצבא המצרי, לנתק את כוחותיו שחנו באזור עזה מצפון סיני ובכך להביא לנסיגתו מחבל עזה. גדודו של עקיבא נתבקש לבצע פעולת הסחה גדולה בין עזה לרפיח, וכבש את משלט דיר אל-בלח.
יום שלם החזיק הגדוד מעמד במשלט מול הסתערויות בלתי פוסקות, כשלוחמיו ממתינים לתגבורת. אך המצרים, מסתייעים בכוח משוריין, פתחו בד' בטבת תש"ט (5.1.1949) בהתקפת נגד גדולה ואילצו את הלוחמים הישראלים לסגת תוך סופת חול עזה. בנסיגה הקשה נפלו לוחמים רבים וביניהם עקיבא.
עקיבא היה בן עשרים וחמש בנפלו. הוכרז תחילה כנעדר, אך גופתו נמצאה לאחר כמה ימים והוא הובא למנוחת עולמים בבית העלמין בחפציבה.
