ביוני 1941 הוחל ברציחתם של יהודי בסראביה ובוקובינה. כ-160,000 יהודים נרצחו בסיועה של האוכלוסייה המקומית – רומנים ואוקראינים. במחצית ספטמבר 1941 גורשו כ-150,000 יהודים לאזור טרנסניסטריה – האזור שנמסר על ידי היטלר לרומניה בתמורה להשתתפותה במלחמה, ושהפך לעמק המוות עבור היהודים. עד תום המלחמה נספו כמחצית מיהודי רומניה.
בתקופת השואה נלקחה כל משפחתו של יונה למחנה המוות אושוויץ, שם נספו מרביתם ורק שלושה שרדו – יונה ושניים מדודיו, אחיה של אמו.
בהגיע יום השחרור היגרו דודיו של יונה לארצות הברית. הוא עצמו חזר לעיר הולדתו והצטרף לקבוצת צעירים יהודים שהתארגנה במטרה לעלות לארץ ישראל ללא סרטיפיקטים, באופן בלתי ליגלי. הם הצליחו להגיע לארץ בסוף 1946.
כאן החל יונה לבנות את חייו החדשים. התגורר בתל יהודה שברמת גן, עבד ואף הכיר נערה ועמד להינשא לה.
בפרוץ מלחמת העצמאות התגייס יונה לחטיבת "אלכסנדרוני" – חטיבה מספר 3 ב"הגנה". החל להתאמן בגדוד 33, שהתארגן בעיקר מקרב חברי החי"ש (חיל השדה) ביישובי גוש דן ונפות השרון.
ביום א' באדר א' תש"ח (11.2.1948), בעת אימונים באזור אפעל – כפר אז"ר, הותקפה יחידתו של יונה על ידי ערבים שארבו בפרדס סמוך. בקרב שהתפתח הוא נהרג.
בן עשרים ואחת בנפלו. יונה הובא למנוחת עולמים בבית העלמין הצבאי בנחלת יצחק.
