עם פלישת הנאצים ליוון הוגלתה משפחתו של שבתאי לגרמניה. הוא הצליח להימלט בדרך, הסתתר באחד הכפרים ביוון וחי שם עד סוף המלחמה כשהוא עובד כרועה צאן. שאר בני המשפחה הגיעו למחנה ריכוז ושם נרצחו.
בשנת 1945, מיד עם תום המלחמה, עלה שבתאי ארצה. זמן מה חי ועבד בקיבוץ איילת השחר, אחר כך עבר לחיפה, בה היו לו קרובים, ועבד בעבודות שונות. כן היה פעיל באגודת "הפועל" בעיר, בייחוד כשחקן כדורגל.
זמן קצר לאחר הגיעו לחיפה הצטרף שבתאי ל"הגנה". בפרוץ מלחמת העצמאות התייצב לשירות, וכעבור זמן מה צורף לחיל ההנדסה ונשלח לקורס חבלה. שבתאי השתתף בקרבות על חיפה ושחרורה, נלחם במערכות הקשות בוואדי רושמיה, עין-ע'זאל ועין-חוד. בהמשך הועבר לגליל. במהלך שירותו הועלה לדרגת סמל.
בזמן המלחמה הכיר שבתאי את יהודית, ובספטמבר 1948 נישאו השניים.
ביום י"ד בתשרי תש"ט (17.10.1948), בשעה 15:00, בעת שעסק שבתאי בפירוק מוקשים בתל אל-חנזיר בגליל (נקרא גם גבעת האם, מעל עמק החולה), התפוצץ מוקש בידו והוא נהרג.
